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基因工程用于农业研究开发无奈准确掌握，结果不可猜测，目前还没法证明其安全性。这项技术会在食品中产生无法预感的毒素或过敏原等未知产物，并且当前的惯例检测手腕不一定能发现。
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转基因产品，包括那些已用作食品或动物饲料的转基产品，已经在动物喂养试验中发现其毒性，会显著地烦扰肝肾功能和免疫应答。
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转基因支持者自欺欺人般摒弃一些统计学上有显著意思的发现，辩称"无生物学相干性或显著意义"，迷信上讲是站不住脚的扯淡。
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转基因支撑者经常宣称，欧盟进行的动物喂养转基因产品实验成果显示是保险的。实际上，这些研讨材料显示转基因豢养动物组跟节制组之间有有明显差异，这很令人起疑。
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转基因食物还没进行过完全的人体试验，其在人类身长进行的研究很少，也很让人担心。 & p; T1 R" C( [) l8 W4 C! ~

仅仅凭生物科技公司的一句"与对应的非转基食物‘实质上等同’" 的保障，美国食品药品治理局就解除对转基因食品的管制，不强迫要求转基因食品进行安全性试验，甚至连安全性评估都没有。这与“疯牛病的母牛和没病的牛‘实质上等同’因而可食”的说法无异！宣称“本质上等同”是无法科学证明的。
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美国转基因食品的监管轨制是最弱的，未要求对转基因食品进行安全性评估或上市标识。然而全球大部分地域也没有完美的法规来掩护人们的健康，以避免转基因食品的潜在副作用。 * ^* i6 P% U0 a

在欧盟，固然宣称监管很严，有请求起码的上市前安全性测试，但这个测试是由产品获准后的受益方公司委派的，这有很显明有好处关系抵触。
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全球没有一个监管机构要求转基因食品进行人体或动物的长期毒性试验。 7 o9 m4 `' o  a$ l

生物科技公司使用专利和常识产权维护法律限度独立研究者以研究目标对转基因作物进行研究。其终局就是制约了独破于转基因工业的科学家研究转基因。那些唤醒公家关注转基因安全的科学家，倍受转基因支持者的猜疑和打压。
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大部门转基因作物（超75%）都被设计植入对除草剂耐药的功效，这类作物一旦被推广后，会导致除草剂的滥用。
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农达（Roundup孟山都公司的一种除草剂），50%以上的转基因作物都被设计成对这个除草剂耐受，农达并不象他们所宣称的那样安全和美妙，现已发现它会导致畸形（出生缺陷），生殖问题，DNA伤害，动物试验致癌。人类风行病学研究已发现流产、出身缺点、神经发育问题、DNA损害、和一部分癌症均和农达使用区域有关联。
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南美转基因大豆产区也暴发出大众健康危机，那里的人们都裸露在农达和其它农药的喷雾的环境中，畸形诞生和癌症发病率在回升。 : Z6 t; _5 o& x% ^) Y

大量的研究表明，一些作物疾病的上升和农达有关，尤其是沾染廉刀菌、真菌，这种真菌能导致豆类枯败病并且对人类和牲畜有毒副作用。 3 T& i; _7 p0 p8 s

Bt杀虫转基因作物不能减少杀虫剂的使用，只是转变杀虫剂的使用方式:喷雾改成植入。(译注bt转基因植物被植入bt基因能产生bt蛋白，bt蛋白有毒，能杀虫。）
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Bt技术被证明并不长久牢靠，当害虫进化成抗bt毒性后，害虫的二重感染正变得广泛。
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转基因支持者声称植入转基因动物的bt毒素是安全的，因为这是做作态的bt，和有机农业所用的，有必定平安使用历史的，长期以传统喷雾方法使用的bt一样。然而，转基因情势的bt毒素和天然态的有差别，它含有不同的毒素并且易引起过敏。
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转基因Bt毒素不仅仅对昆虫类害虫有毒，对试验动物的喂养试验中，Bt转基因作物已被发现有毒性作用。 : X2 g4 V: A/ @1 G1 [8 ?6 x* _

转基因作物已被发现对环境中的非靶向生物有毒性作用。 5 w. d& P3 H, r7 [, n2 e% N

Bt毒素不能被消化体系完整损坏，已经在加拿大妊妇的血液系统中与胎儿的供血中发明了Bt毒素。
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免耕法增进了抗除草剂作物的种植，这种种植方法不需耕作，只要用除草剂控制杂草，比起耕种法对环境不利，更深刻的土壤检测显示免耕法绝对于耕种法，坚持泥土中的碳（有机物）更少。
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因除草剂的使用，免耕法对大豆种植环境发生负面影响。
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黄金大米，一种富含B-胡萝卜素的大米，被当成为营养不良的人战胜维生素A 缺乏症的转基因作物。但是黄金大米并没有通过安全毒性试验，一直被这基础的发展问题困扰，经由12年多少百万资助的研究后，仍旧没能上市。同时，没有任何赞助的，便宜而又高效的医治维生素A缺少的方法早就有了，并且正在使用中。
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转基因作物被誉为填饱日益增添的全球人口的"工具箱中的主要工具"，但是一些专家质疑它们能作出多大的奉献，因为相对非转基因作物它不能产生更高的产量或更能抗旱。大部分的转基因作物只是被植入除草剂耐受功能或含杀虫剂，而这些特质和喂饱肚子并不相关。
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农夫们高度应用转基因作物并不象征它们比非转基因作物更优良，由于转基因公司取得种子市场的把持权后，就从市场高低架各种非转基因作物的种子。这种情形下，“农夫的抉择”基本就是个伪命题。
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转基因传染非转基因作物已造成食品和饲料产业大批的经济丧失，包含产品召回，诉讼，市场散失。 . @% F$ `& a7 E5 T  E6 V$ r8 j* n

当良多人听到对于高产量，抗病，抗旱，养分改进，超级作物等词，就会想到转基因，实际上，这些全是传统出产的产品，传统方式生产此类作物始终比转基因更有上风。传统办法胜利种植这类作物的报道有一长串的清单列表。 : D- n& A7 x  H# r0 H$ A

一些"超级作物"被发布为转基因的成功，实在这些都是传统法种植的产品，有一些长短转基因的生物技术“分子标记辅助选择”辅助下获得。
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为知足当前和未来对食品生产的需要，尤其是应答疾速的气象变更，传统的种植方法，辅以非转基因生物技巧象"分子标志帮助挑选技术"，是一种比转基因更安全，更强盛的生产新作物品种的方法。
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使用传统的方法，取舍适应本土的作物，结合农业生态学进行农业生产，证实能确保满意寰球的食品安全。